La saison 2023-2024 du FC Annecy est la deuxième année de l'équipe première en championnat de France de football de Ligue 2 grâce au maintient acquis in extremis à la suite de la relégation administrative du Football Club Sochaux-Montbéliard, après avoir terminé à la 17e place de Ligue 2 2022-2023. Le maintien ou la relégation du FC Annecy a par ailleurs fait l'objet d'un intense débat, le club se retrouvant 17ème uniquement grâce à la victoire sur tapis vert du Rodez AF contre les Girondins de Bordeaux à la suite des incidents du match comptant pour la 38ème journée de championnat. Contestant l'équité sportive de leur relégation et du maintien du Rodez AF non acquis sur le terrain, le club a longtemps milité pour une Ligue 2 à 21. Ayant reçu une fois de non recevoir, ils acquièrent finalement leur maintien grâce à la faillite du FCSM, après que l'option un temps envisagée d'un championnat à 19 équipes afin d'anticiper le passage à 18 équipes en fin de saison ait été écartée